台湾研究院于1997年和1999年先后被列为国家“211工程”的重点建设学科和福建省重点学科。2014年，以台湾研究院为核心力量成立的“两岸关系和平发展协同创新中心”入选国家级“2011计划”（即“高等学校创新能力提升计划”）。两岸关系和平发展协同创新中心（简称两岸协创中心）由厦门大学牵头，复旦大学、中国社会科学院台湾研究所和福建师范大学在2012年共同培育组建，并在2014年10月获得教育部、财政部认定为国家级“协同创新中心”。
两岸协创中心致力于建成海内外最具权威性、最有影响力的台湾研究思想库、人才库和信息库，解决两岸关系和平发展过程中出现的重大而复杂的理论与实践问题，加强两岸政、产、学、研、用等相关部门的通力合作，在“两岸关系和平发展重大理论”“两岸经济一体化”“两岸社会整合”“两岸文教融合”“两岸共同事务合作治理制度化”等五大领域展开跨学科、跨部门、跨领域、跨地区协同创新，更好地解决两岸政治协商、经济合作、社会接轨、文教融合、公共事务治理中存在的难题和问题，强化两岸命运共同体，为促进两岸关系和平发展、祖国和平统一大业提供理论支撑和实践探索。
北京海峡两岸社区发展研究中心（简称两岸社区中心）成立于2014年12月2日，是经北京市台办和北京市社工委同意，由北京市民政局批准成立的具有独立法人资格的、专门从事两岸社区发展研究、交流互访、培训服务的公共服务平台。作为北京创新两岸基层交流的平台与窗口，近年来先后荣获中国社会组织评估等级 5A 级社会组织(2019年)、全国百强社会工作服务机构(2020年)和北京市智库领域先进基层党组织(2021年)等荣誉。两岸社区中心自成立以来，积极践行新型社会组织的使命担当，努力发挥好三个作用。一是当好两岸交流的新型智库。两岸社区中心聘请两岸权威专家学者和村里长担任京台社区发展论坛顾问和特约研究员，为深入、持久、务实开展京台两地社区交流融合提供了重要的智力支撑。二是成为基层交流的重要力量。多年来，两岸社区中心参与策划实施京台社区发展论坛、京台社区大讲堂、京台社区大舞台暨“咱的节日”等系列交流品牌活动，推动“一日社区主任”体验式交流，积极推动京台基层交流的机制化和常态化。三是打造社区交流的主要窗口。两岸社区中心积极推动台湾社区营造成果转化和两岸社区建设经验互鉴，用心讲好两岸社区交流互访、经验互鉴、项目互促、朋友互交的动人故事，展示台湾社区营造和北京社区治理的创新实践。
双方认为北京海峡两岸社区发展研究中心未来可成为两岸协同创新中心的教研基地，为两岸学生实习调研提供支持和便利；同时加强研究合作，聚焦两岸社区交流和基层民众往来，积极为推进两岸基层社会深层次融合发展建言献策。
双方将着重在两岸关系发展、社区治理实践和学术研究合作等领域开展协同创新合作；聚焦两岸重大课题共建团队，共享成果；聚焦产学研深度融合，探讨人才培养协同创新；共同组织两岸学术会议，推动成果落地转化；互为对方所从事的学术研究和交流活动赋能，提升双方人才培养、科学研究和服务社会能力。
双方认为，应充分用好两岸资源，发挥各自优势，通过开展协同创新与合作，深化两岸交流交往，拓展交流新领域，探索工作新方法，用好新媒体线上互动，用好新载体线下互补，为两岸民众交流开辟更多渠道。
