两岸关系和平发展协同创新中心（简称“两岸协创中心”）是根据教育部、财政部的“2011计划”（即“高等学校创新能力提升计划”）的要求，由厦门大学牵头，复旦大学、中国社会科学院台湾研究所和福建师范大学在2012年共同培育组建，并在2014年10月获得教育部、财政部认定为国家级“协同创新中心”。

“2011计划”是继“211工程”、“985工程”之后，国务院在高等教育系统启动的第三项国家工程，是针对新时期中国高等学校已进入内涵式发展的新形势下又一项体现国家意志的重大战略举措，其核心目标是提升人才、学科、科研三位一体的创新能力。

两岸协创中心确立的综合使命是，围绕“推进两岸关系和平发展、实现国家最终完全统一”这一国家重大战略需求，解决两岸关系和平发展过程中出现的重大而复杂的理论与实践问题，加强两岸政、产、学、研、用等相关部门的通力合作，大力开展跨学科、跨部门、跨领域、跨地区的协同创新研究与实践，为解决台湾问题，实现祖国和平统一夯实各方面的基础，创造更充分的条件。

本中心的总体思路是，通过和海内外政、产、学、研、用等相关部门建立协同合作关系，在“两岸关系和平发展重大理论”、“两岸经济一体化”、“两岸社会整合”、“两岸文教融合”、“两岸共同事务合作治理制度化”等五大领域展开跨学科、跨部门、跨领域、跨地区协同创新。中心将依托上述五大协同创新平台，全面推进两岸关系和平发展协同创新研究与实践，共同研究并推动“一个中国”大系统下两个客观存在的子系统之间的“系统桥接”。透过“系统桥接”的方式，更好地解决两岸政治协商、经济合作、社会接轨、文教融合、公共事务治理中存在的难题和问题，强化两岸命运共同体，为共建“中华民族共同家园”清除人为障碍，并以此巩固和深化两岸同属一个国家的事实，为促进两岸关系和平发展、祖国和平统一大业提供理论支撑和实践探索。

本中心的发展目标是“服务两岸关系和平发展战略，引领世界台湾研究前沿”，致力于建成海内外最具权威性、最有影响力的台湾研究思想库、人才库和信息库，成为名副其实的“中国特色新型智库”。中心将产出一批高水平研究和实践成果，为两岸有关单位和部门提供更具针对性和可操作性的决策咨询意见，破解理论和实际工作中存在的难题。中心正在着手培养一大批台湾研究和两岸事务的复合型高层次人才，为追求两岸人民更加美好的生活，并最终促成国家完全统一做出重大贡献。

中心建设得到中共中央台办、外交部、商务部、民革中央、台盟中央、中华全国青年联合会、国家汉办、福建省和厦门市等中央和地方党政机关和民间团体的指导和支持。中国国民党“国政研究基金会”也以书面方式表示同意与本中心开展合作研究。

目前本中心已经与国台办研究局、商务部港澳台司、台盟中央联络部、民革中央联络部、全国台联、全国台湾研究会、温州市政府、厦门海沧区政府、福建省平潭综合实验区管委会、台湾经济研究院、台湾综合研究院等两岸学术机构及实务部门签署协同合作协议。