2012年10月，两岸关系和平发展协同创新中心在厦门大学正式开始培育。

2013年1月，征得复旦大学、中国社会科学院台湾研究所和福建师范大学的同意，“三校一所”决定共建“两岸关系和平发展协同创新中心”。

2013年3月25日，在国台办和教育部领导的亲临见证下，两岸关系和平发展协同创新中心正式揭牌。

2014年10月，两岸关系和平发展协同创新中心正式获得教育部、财政部的认定，成为国家级“2011计划”协同创新中心。

2018年12月，两岸关系和平发展协同创新中心顺利完成评估。