根据教育部、财政部《“高等学校创新能力提升计划”实施方案》关于2011协同创新中心“以国家重大需求为牵引，以机制体制改革为核心”的要求，针对两岸关系和平发展领域在人才培养、学科建设和科学研究三方面存在的机制体制障碍，结合“三校一所”以往的实践和经验，本中心围绕“服务两岸关系和平发展战略，引领世界台湾研究前沿”的目标，坚持“三校一所”共建、开放运行的建设模式，坚持高水平建设标准，坚持教授治学、专家治研的管理理念，坚持多层次、全方位的协同创新，坚持人才为核心、需求为导向的发展方式，通过持续不断地创新机制体制，将本中心建设成为高校转变发展方式的改革特区和先行先试示范区。中心已建立并将不断持续深化的机制体制改革措施如下：

（一）高校赋予协同创新中心“特区”政策

本中心牵头高校厦门大学制定的《关于贯彻实施“高等学校创新能力提升计划”的意见》，明确“将协同创新中心作为学校管理体制改革的‘特区’或实验区来积极培育，制定特殊扶持政策，实行新的运行机制”。在高校现有的组织和人事管理、科研和教学管理、财务和经费管理制度方面，通过协同创新中心先行先试的改革，为高校管理体制的整体改革摸索经验。同时，厦门大学还向中心颁发了“授权委托书”，授权中心主任李建发教授代表中心全面行使人事（聘任、考核和评价）、科研组织、经费使用、人才培养、资源配置等方面的领导和管理权限，并代表中心签署相关文件。

（二）协同创新中心的管理体制

中心实行理事会领导和学术委员会指导下的中心主任负责制，实施责、权、利相一致的管理模式。最高权力机构为理事会，决定中心发展的原则与方向。理事会下设学术委员会和管理委员会，学术委员会负责中心重大学术研究计划的制定，管理委员会在中心主任领导下负责中心日常工作的开展和运行。

理事会作为中心的最高权力机构，由核心协同单位和协同合作单位分别委派代表担任。主要职能包括：修订中心章程；审议并决定中心的中长期发展规划；决定中心的机构设置；决定中心主任、执行主任、学术委员会主任及委员的聘任事项；审议并决定中心主任的年度工作报告和年度工作计划；审议并决定中心各种管理规章制度；决定吸收新的协同单位加入中心；决定其他须由理事会决定的中心重大事项。

学术委员会是中心的学术决策、咨询、评价与监督机构。学术委员会行使以下职权：拟订中心研究方向与研究规划，提交理事会决定；审议并决定中心各研究平台的研究方向与研究规划；对中心科学研究、人才培养和学科建设等重大制度制订与执行情况提出建议、咨询及评估报告；提出中心研究人员聘任的基本标准和原则，决定专家委员会主任委员和组成人员的聘任；审议并决定中心的重大科研项目；其他须由学术委员会审议的事项。

中心管理委员会主任、执行主任由理事会决定聘任（解聘），对理事会负责，对外代表本中心。中心主任、执行主任行使以下职权：接受理事会的领导和学术委员会的建议，全面负责中心的运行；协调中心成员之间的关系，领导中心办公室处理中心的日常工作；统筹中心学术工作，通过专家委员会主任委员，协调各研究平台开展学术协同创新研究；召集中心办公室成员和专家委员会主任委员联席会议；理事会赋予的其他职权。

为了理顺“三校一所”之间的协同关系，本中心采取了分设中心的体制。除了牵头单位厦门大学的“两岸协创中心”与“两岸关系和平发展协同创新中心”合署办公外，其他三家核心协同单位则分别在“两岸关系和平发展协同创新中心”之下分设：复旦大学“两岸政经研究中心”、福建师范大学“两岸文化发展研究中心”、中国社会科学院台湾研究所“两岸政策研究中心”。各分中心具体负责本校(所)分中心的科学研究和人才培养工作，联合“三校一所”及其他相关单位研究人员承担本中心的协同创新任务。

两岸关系和平发展协同创新中心下设五大研究平台，作为中心各种任务建设的责任单位，各平台具体任务包括：（1）中心所有科研、学科建设和人才培养任务均落实到每个研究平台；（2）中心所有科研成果产出和工作考核以研究平台为单位；（3）研究平台实行主任委员负责制，每个研究平台设两名主任委员。

中心根据五大研究平台的重大任务建设需求，组建若干创新团队，以开展各种具体学术活动，即：（1）中心所有专兼职人员均加入一个创新团队；（2）创新团队实行首席专家负责制，每个创新团队设首席专家两名；（3）各研究平台的重大科研任务、学科建设和人才培养任务等落实到各个创新团队。

（三）科研协同机制

中心从三方面着手建立和实施科研协同创新的体制机制改革：（1）建立中心项目以成效和利益分配挂钩为核心的中心内部协同创新机制；（2）建立中心考核结果互认机制，原单位不另行考核；（3）建立合理的引导机制、保障机制和评估机制，建立开放性的人事制度和以能力贡献为原则的分配制度；（4）针对参与本中心建设的不同协同创新主体的差异性，建立多样化的体制机制。

本中心与海内外30多家研究机构和涉台工作部门签署了协同创新合作协议，在不同领域以不同方式进行协同攻关、共同研讨，以取得创新性成果为目标。所有参与中心的机构、团队、人员均可发挥自身优势，设定自身的发展目标，申报的研究项目只要符合中心的总体发展目标，均可纳入中心的支持项目。

（四）成果考核机制

中心建立了新型的成果考核机制，把研究成果的创新性作为关键指标，将研究成果的原创性、交叉性、实效性、适用性等作为评价维度，考核内容还包括团队合作、学科交叉、团队稳定、社会贡献、政府采纳及其指导实践效果等。具体包括：（1）改变既往单纯以论文、获奖为主的绩效考核评价方式，基于文化传承类协同创新中心的特点，建立以社会贡献、决策参与及其指导实践效果为主，以发表论文、出版专著、申报项目为辅的绩效考核机制。（2）绩效考核以研究平台和协同创新团队为单元，实行个人、研究平台和协同创新团队“三合一”的捆绑式考核。学术委员会根据考核结果确定中心对个人薪酬支付的标准。（3）成效与利益分配挂钩机制。中心对考核结果为“优秀”的协同创新平台和协同创新团队或表现特别突出的个人，设立专项经费用于平台、团队及个人的奖励。绩效考核结果作为资格审核和下一聘期薪酬的确定依据。（4）建立多元贡献成果考核机制。

（五）学者流动机制

本中心建立了“流动不调动”的新型人才流动机制。协同高校和研究机构派出一定名额的人员进入中心，人员包括科研教学流动岗位和中心行政办公室固定岗位的人员。中心与各协同单位签订合作协议确保流动人员在原单位的人事关系及薪酬福利保留不变，同时中心按其实际工作绩效支付绩效薪酬。中心实行专兼职人员与原单位之间“绩效考核、优进劣退”的人才队伍聘任制度。中心专职人员未完成年度考核工作量，将在下一年度转为兼职人员。兼职人员出色完成考核工作量，下一年度将有机会转为专职人员。未完成考核任务的兼职人员将自动解除聘任。

中心实行科研项目申报与科研成果发表的联合署名、中心优先机制，鼓励各协同单位之间、协同单位的成员之间在联合申报科研项目、出版研究专著、发表学术论文、形成调研报告、申报科研奖励等方面的协同合作。团队成员取得的研究成果，按贡献大小确定成果署名排序，可同时标注“两岸关系和平发展协同创新中心”和成员所属单位名称。

中心拥有一定的自主权，实现中心内聘任职称的自主评聘。成员所属单位的教学科研任务与中心工作相冲突时，各协同单位允许成员优先执行本中心的各项工作任务。成员受聘于中心期间承担的教学任务，计入该成员隶属单位的工作量考核。对于返回各协同单位工作的人员，高校认可其在中心承担的工作量及中心的绩效考核结果，并可直接、甚至优先用作人才晋升的备选条件。

（六）人才培养机制

本中心建立“寓教于研”的拔尖创新人才培养模式，努力实现以科学研究和实践创新为主导，通过学科交叉与融合、产学研用紧密合作等途径，推动人才培养机制改革，以高水平科学研究支撑高质量人才培养。本中心建立了硕、博士研究生联合培养机制，通过两岸高校“学分互认”方式以及高校、科研单位、实务部门共同合作等方式联合培养硕、博士研究生。以实际的措施鼓励和支持研究生赴台进行1至6个月的短期学习和调研，支持具有科研或实践潜力的优秀研究生实现“硕博连读”，选拔台湾学生进入本中心的硕、博士培养体系，奖励研究生在学期间参与本中心项目的研究工作。通过制定专门的培养方案，使研究生从学习者变成参与者，从参与者变成研究者。

本中心建立了跨学科的博士后流动站培养机制，也积极探索跨部门、跨两岸共建博士后流动站的机制体制，实现中心各成员单位之间的博士后流动。中心还设立了访问学者研究岗位和国际博士后岗位，吸引国内外一流大学和研究机构人员到本中心进行研修。

（七）资源整合机制

本中心建立了信息资源、实践资源、教学资源、智力资源和社会资源共享机制。为了提高各类资源的利用效率，避免协同创新资源建设重复投入的弊病，“三校一所”的台湾研究图书数据资料库、信息统计数据库等资源，通过提供特定账号或接入码的方式，向中心的所有成员开放。“三校一所”的特色仪器设备及实验室、教学基地、两岸研究基地，也供各成员单位共享。对于团队的成员在中心工作期间，采取灵活的弹性工作制度，建立项目负责制、任务目标责任制、项目成果考核制。中心还为合作单位人员提供包括办公条件、生活设施、生活津贴等在内的后勤保障，使其能够专心致志地从事创新研究工作。

为了进一步强化中心的建设，本中心鼓励协同创新单位积极投入建设经费，向国家有关部门申请项目经费的支持。本中心对“三校一所”投入的协同创新经费实行统筹规划，各单位对用于创新平台的科研和管理经费设立独立账号，并在中心的统筹预算框架下实行自主支配。

为进一步加大资源共享力度，中心鼓励各协同单位之间共享海内外各种学术人脉资源。